ウイルス進化説とは、進化はウイルスの感染によって起こるという仮説のことである。「ウイルス進化説」あるいは「ウイルス進化論」は、中原英臣と佐川峻による命名であるが、この仮説は海外では二人が提唱する前からあり、それらを含めた包括的な説とするなら、今日ウイルス由来の遺伝子が哺乳類の進化をもたらしたことが実証されているので、部分的には正しいということがわかっている。

個体発生は系統発生を繰り返すという生物学の仮説を反復説という。この説は長い間タブー視されてきたが、近年再評価されつつある。反復説をオートポイエーシスとフラクタルの観点からシステム論的に説明しよう。

ダーウィンの進化論は、偶然生じた生物の変異に自然選択（性選択等も含めるものとする）が働き、環境に適応しているものだけが生き残って子孫を増やすことで、進化が起きるとする説であるが、このダーウィンの進化論は、今日に至るまで進化論のパラダイムである。新しい進化の学説を唱える者は、そろってこのダーウィンの進化論を批判し、「ダーウィニズムはもう古い」と宣言するが、このことは、ダーウィニズムがまだ古くない証拠である。もし本当にダーウィニズムが古くなっているのならば、新しい進化の学説を唱える者は、そもそもダーウィニズム批判などしないはずだからだ。